Το 1961, ο Corbato προχώρησε στην ανάπτυξη του Compatible Time-Sharing System (CTSS), ενός συστήματος ανταλλαγής χρόνου που θεωρείται ένα από τα πρώτα λειτουργικά συστήματα παγκοσμίως. Τότε ήταν που άρχισαν να χρησιμοποιούν κωδικούς πρόσβασης για πρώτη φορά, γεγονός που κατέστησε δυνατή τη δημιουργία διαφορετικών λογαριασμών. Πολλοί άνθρωποι μπορούν να χρησιμοποιούν έναν υπολογιστή τη φορά. Για αυτό το έργο, ο Corbato έλαβε το βραβείο Turing.
Το CTSS αποτέλεσε τη βάση για υπηρεσίες άμεσων μηνυμάτων και επεξεργασίας κειμένου.
Μετά το CTSS, ο Corbato ανέλαβε το έργο Multics, χάρη στο οποίο εμφανίστηκαν τα συστήματα Unix και η γλώσσα προγραμματισμού C.
Το έργο του Corbato ενέπνευσε επίσης το Ινστιτούτο Τεχνολογίας της Μασαχουσέτης (MIT) να εγκαινιάσει το Project MAC, τον προκάτοχο του Εργαστηρίου Πληροφορικής και Τεχνητής Νοημοσύνης (CSAIL).
